哥斯拉掉入三原山之後，日本過了5年平安的日子，但是自衛隊為了以防萬一，打算以哥斯拉的細胞為成分制造對抗哥斯拉的武器"抗核細菌"(ANB)，以及將之前與哥斯拉對戰時被摧毀的超級武器"Super_X"改造成為"Super X2"，此時哥斯拉在三原山里居然又開始活動，使得日本關東地區地震不斷，並且使得白神博士將自己女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物死亡，於是白神博士便加入ANB計劃，同時他將哥斯拉細胞與女兒細胞跟玫瑰細胞混合的植物結合制造了不死植物碧奧蘭蒂，但是在一次的事件當中碧奧蘭蒂被釋放出來並且在蘆之湖巨大化。此時三原山爆炸，哥斯拉再度出現，自衛隊無法阻擋哥斯拉 往東京方向移動，後來出動了"Super X2"使哥斯拉改變移動方向，但是在哥斯拉不間斷的攻擊之下"Super X2也敗下陣來，但是沒有想到哥斯拉此時卻朝着碧奧蘭蒂的所在地移動.....
