繼續延續上一季的劇情，原來穆德受了騙，及時發覺錯誤後和史考莉串通好來騙政府高層，以潛入一個「作為一個普通FBI特別探員不該進入的地方」搜集需要的資料。本季發展越來越精彩，一些沒有被完全改造的混血外星人聯合起來抵抗殖民陰謀。史考莉被綁架時子宮被移除，但今年卻出現了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆，客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X檔案為了配合電影的上映，加入了一些角色及內容，「辛迪加」組織的陰謀越來越明顯，穆德再一次接近事實的真相。穆德前女友的出現也對穆德與史考莉間的關系做出重大考驗。該季結束於吸煙人燒毀了所有X檔案卷宗。
